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※ 本文為 MindOcean 轉寄自 ptt.cc 更新時間: 2021-09-09 14:20:34
看板 Gossiping
作者 fifthfloorme (躌艛)
標題 [問卦] 基因定序的原理？
時間 Wed Sep  8 14:44:42 2021

小妹文組，想問基因定序為什麼要那麼多天？

我以為就是把基因拿去顯微鏡底下觀察一下欸！生物課不是都有萃取過DNA嗎？

還是說，要放大很多倍才能看得清楚序列呢？求解！

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 118.169.64.100 (臺灣)
※ 文章代碼(AID): #1XE5lS3h (Gossiping)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1631083484.A.0EB.html
※ 同主題文章:
● 09-08 14:44 fifthfloorme. ■ [問卦] 基因定序的原理？
　 09-08 15:27 yabia. ■ Re: [問卦] 基因定序的原理？
→ s820912gmail …
→ s820912gmail: 文組！1F 49.216.131.55 台灣 09/08 14:44
推 tom77588: 問基因庫很豐富的台女啊2F 111.82.222.72 台灣 09/08 14:45
推 greensaru: 小精靈忙不過來3F 42.72.63.204 台灣 09/08 14:45
推 veryGY: 我記得是用放大鏡慢慢數 不然你問樓下4F 114.25.37.248 台灣 09/08 14:45
→ Goog1e: 生物課萃取DNA??????5F 150.116.147.25 台灣 09/08 14:45
→ umin928: 你這不是甚麼組 是腦子的問題6F 36.225.55.100 台灣 09/08 14:46
推 tdjpl: 你是萃取DHA吧7F 87.123.193.143 德國 09/08 14:46
推 sss870192: 不是數ADSL嗎8F 36.225.222.243 台灣 09/08 14:47
推 itoarika: XD9F 101.9.111.27 台灣 09/08 14:47
推 Neisseria: 用定序儀跑的。要跑一至兩週10F 112.105.246.64 台灣 09/08 14:48
推 alwang: 很簡單吧  1bit=8byte11F 123.51.148.40 台灣 09/08 14:48
推 rintoo: 要用電子顯微鏡才能看到ATCG四個字母12F 42.74.26.198 台灣 09/08 14:48
推 fenrisfang: 文組的腦子用顯微鏡都觀察不到13F 112.104.112.96 台灣 09/08 14:48
推 khalid: 4%:都假的啦 只有雞絲修幹是真的14F 175.181.152.248 台灣 09/08 14:49
→ jeff12302000: 很簡單啊，問黨的意思15F 223.137.237.154 台灣 09/08 14:49
→ jimmykuo123: 定序要靠小精靈去看去回報比較慢>.^16F 114.25.221.243 台灣 09/08 14:49
→ SRadiant: 跑1、2週是20年前的事吧...17F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:49
→ tonyian: 你帶你兒子去做親子鑑定就知道原理了18F 39.9.101.206 台灣 09/08 14:50
→ rintoo: DNA很長，看到ATCG字母後移動抄寫序列費19F 42.74.26.198 台灣 09/08 14:50
→ rintoo: 時
推 vaya: 推 要用電顯。 選我正姐21F 39.11.36.226 台灣 09/08 14:51
→ meowyih: 最討厭的老闆就是只要自己不會做的，都認22F 61.228.86.249 台灣 09/08 14:51
推 owlonoak: 20年前還沒有完全定序這種技術23F 220.143.192.200 台灣 09/08 14:51
→ meowyih: 為很簡單應該不難然後丟給你的那種 XD24F 61.228.86.249 台灣 09/08 14:51
→ SRadiant: 明明就是叫DNA排好報數，照順序報什麼就25F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:52
→ owlonoak: 只能看到一部分DNA序列的特徵26F 220.143.192.200 台灣 09/08 14:52
推 Neisseria: 所以現在定序要多久？一至三天？27F 112.105.246.64 台灣 09/08 14:52
推 LukaDoncic: 要先RT 再PCR 再送NGS 再用程式分析se28F 35.130.71.243 美國 09/08 14:52
→ SRadiant: 記什麼，因為有3萬個左右所以要花一些29F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:52
→ SRadiant: 時間
→ LukaDoncic: quence 可能還要重複幾次31F 35.130.71.243 美國 09/08 14:52
→ poi96300: 滴血認親沒看過嗎??????????32F 49.213.159.216 台灣 09/08 14:52
推 scps990607: 搜尋「次世代定序NGS」了解一下33F 27.242.135.137 台灣 09/08 14:53
推 vaya: 而且怕ATCG排列看錯 所以蠻傷眼 所以時間才34F 39.11.36.226 台灣 09/08 14:53
→ vaya: 會那麼長 給你參考
推 kavengany: DNA電泳慢慢跑36F 223.139.161.184 台灣 09/08 14:53
推 gn01657736: DNA才問世30年，技術還不成熟一堆文37F 49.217.198.4 台灣 09/08 14:53
→ gn01657736: 組，ATGC就一堆人就看不懂了
→ SRadiant: 病毒幾萬個鹼基完整定序沒問題啊39F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:54
推 owlonoak: 其實上面有一個鄉民還真的說對了40F 220.143.192.200 台灣 09/08 14:54
→ owlonoak: 真的是叫DNA排好報數
→ owlonoak: 是長度從一個鹼基到最後一個鹼基這樣
→ owlonoak: 檢查這一堆長度不等的DNA的最末端鹼基
→ owlonoak: 這就是目前定序的原理
→ SRadiant: NGS出來也快20年囉，2003年就有發表一45F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:56
→ SRadiant: 個腺病毒全基因組
推 duckie: Sanger定序法 應該不會用到NGS47F 60.251.121.124 台灣 09/08 14:57
→ duckie: NGS太貴了
→ SRadiant: 時間過很快的，我剛剛還想了一下畢業幾49F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:57
推 s9234032: 游泳>^<50F 111.248.122.209 台灣 09/08 14:57
→ SRadiant: 年了，唸書時那些技術出來幾年了51F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:57
推 pastoris: 採後萃取蛋白質體，用delta序列當引子作52F 150.116.67.54 台灣 09/08 14:58
→ pastoris: PCR，結果sequence分析
噓 v21638245: 反串？54F 49.216.132.17 台灣 09/08 14:58
→ SRadiant: 病毒基因體很小，不貴，而且公家的錢55F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:58
→ william10319: 1953就發現DNA雙股螺旋結構了啦56F 111.71.214.66 台灣 09/08 14:59
→ SRadiant: 不會用Delta序列當primer喔，那樣看不出57F 111.82.244.251 台灣 09/08 14:59
→ SRadiant: 什麼
→ william10319: 不懂別裝懂59F 111.71.214.66 台灣 09/08 14:59
→ Mei5566: 用大聲公問它是不是中共同路人60F 114.42.12.187 台灣 09/08 14:59
推 pastoris: 那會用什麼作primer夾出來？61F 150.116.67.54 台灣 09/08 15:03
→ SRadiant: https://i.imgur.com/oKP7BNV.jpg62F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:03
→ SRadiant: 台灣不知不覺也上傳一堆序列了，剛剛還
→ SRadiant: 看到有人說定序會不會造假...
→ SRadiant: https://i.imgur.com/7SnEEYq.jpg
[圖]
 
[圖]
→ SRadiant: 有些資訊比較齊全的，會有定序技術，像66F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:05
→ SRadiant: 這個是用Illumina Iseq
→ SRadiant: Illumina iseq 100的話就是NGS
推 s0920151048: 看顏色，跟紅綠燈一樣69F 223.136.228.185 台灣 09/08 15:09
推 billionaire: 跑膠70F 101.9.195.28 台灣 09/08 15:09
→ SRadiant: NTU(台大)寫NGS，TSGH(三總)是Illumina71F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:10
→ SRadiant:  NovaSeq
→ SRadiant: CGMH(長庚)也是Illumina NovaSeq
→ egogeorge: 顯微鏡看基因？腦袋有洞74F 120.109.248.149 台灣 09/08 15:11
推 pastoris: 15年過去，現在技術縮寫已經看冇阿75F 150.116.67.54 台灣 09/08 15:13
→ SRadiant: 忘了回，用哪個primer不知道，但會是"通76F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:18
→ SRadiant: 用型"(保守區)的，因為你用delta的序列
→ SRadiant: 來P，沒P出來你只能知道"可能"不是delta
→ Yahweh: 說用電顯用顯微鏡的先去讀個書好嗎79F 1.162.0.58 台灣 09/08 15:18
→ SRadiant: ，其他啥都不知道80F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:19
→ quartics: 4%到底有多少無腦文組81F 114.24.218.179 台灣 09/08 15:20
推 basterds: 工作人員半路被hooker攬走82F 42.74.248.41 台灣 09/08 15:21
推 eldar: 好奇學術界、業界一般基因定序要多久時間83F 140.112.235.23 台灣 09/08 15:23
→ freesamael: XD84F 124.9.5.143 台灣 09/08 15:25
推 kipi91718: 只要不合4%的意就假定序啦 原理不用管85F 42.73.85.212 台灣 09/08 15:26
推 Lynn1122: 推SR大86F 39.10.195.158 台灣 09/08 15:28
推 jeff830621: 文組去了解一下次世代定序吧87F 61.219.218.127 台灣 09/08 15:28
推 pastoris: 了解，那我的認知作法目前還是可行，我88F 150.116.67.54 台灣 09/08 15:30
→ pastoris: 表達不夠完整；不會以突變端序列直接當p
→ pastoris: rimer，通常是設計突變處的前後端。
推 Yahweh: 20年前human genome project 就號稱完成了91F 1.162.0.58 台灣 09/08 15:30
推 Irenicus: 跟文組解釋這個是浪費時間92F 218.164.121.73 台灣 09/08 15:30
推 storyk49240: 這一串滿屌ㄉ93F 61.228.148.63 台灣 09/08 15:30
→ Yahweh: virus genome 真的小 case94F 1.162.0.58 台灣 09/08 15:30
→ SRadiant: NGS快也要2、3天吧，不趕通常會是一週95F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:30
→ SRadiant: 左右出報告
→ rfa0323: 現在定序一天左右…97F 36.231.162.128 台灣 09/08 15:32
噓 mbpl: 版上那麼多專家，台灣生技有希望。。。還是98F 49.217.197.159 台灣 09/08 15:33
→ mbpl: 相反?
→ SRadiant: 採檢、檢體傳送就可以過第一天了，除非100F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:33
→ SRadiant: 急件或24小時輪班
推 pastoris: 15年前趕論文數據時急件3天就能知道結果102F 150.116.67.54 台灣 09/08 15:34
→ pastoris: 了，我認為現在新的儀器可以更快
→ SRadiant: 簡單的數kb基因定序，我還在唸書時就可104F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:35
→ SRadiant: 以隔天看結果了
→ SRadiant: 儀器很快啦，30kb也很小
推 birdy590: 要先培養病毒吧 量太少還不一定養的出來107F 203.203.203.201 台灣 09/08 15:43
推 jhjhs33504: 前處理有些細節吧 之後就中央極限定理108F 220.135.175.72 台灣 09/08 15:46
推 jonsauwi: 文組要先從PCR開始瞭解起，才能進到Sang109F 49.216.162.103 台灣 09/08 15:55
→ jonsauwi: er定序，最後才能瞭解NGS吧……
→ jonsauwi: 做生物的人也多麼希望顯微鏡就能直接定
→ jonsauwi: 序DNA啊……
推 Yahweh: 十幾年前有人想要用atomic force microsco113F 1.162.0.58 台灣 09/08 15:59
→ Yahweh: py + molecular clamp 去"掃"基因序列啦
→ Yahweh: 現在不知道做到甚麼程度了
推 abccat0520: 用顯微鏡看DNA好像有點幽默xDDDDDD116F 223.137.232.87 台灣 09/08 16:05
→ nzj: 偷偷告訴你，DNA（也就是俗稱的DHA）是雙股117F 223.138.98.8 台灣 09/08 16:30
→ nzj: 螺旋且互補（只要有其中一條就可以人工做出另
→ nzj: 一條），且他有4種鹼基（ATGC），可以想成有4
→ nzj: 種字母的積木。正常的積木可以跟上一個及下一
→ nzj: 個積木串在一起，而不正常的積木只能跟上一
→ nzj: 個積木串在一起，而不能跟下一個積木串一起，
→ nzj: 而這不正常積木會塗上顏色（A的話塗紅色）。
→ nzj: 接下來把積木串起來，串也不是亂串，而是要
→ nzj: 看定序的DNA是什麼序列，然後把互補積木串起
→ nzj: 來，當在串的時後若 隨機拿到塗紅色的積木就
→ nzj: 不能往下串，這樣重複幾次後就會有不同長度
→ nzj: 的積木（最後一個積木可能是紅色）。接著用一
→ nzj: 樣的方法分別把TGC（假設不正常積木分別是藍
→ nzj: 黃綠）組的積木串完，這樣就有4種不同顏色的
→ nzj: 積木。接下來，把串起來的積木分別放在跑道，
→ nzj: 然後越短的跑越快，在終點會有人算名次且只計
→ nzj: 算有顏色的積木，假設第一名是A（紅），第二
→ nzj: 名是C（綠），依序是TGAATTCCCC……，這樣子
→ nzj: 就可以推出序列了
→ nzj: （實際在做的時後，有顏色的積木就是接螢光
→ nzj: 團的鹼基，而螢光團可用螢光偵測器測量）
噓 driftingjong: 這釣得也太沒水準138F 223.137.125.159 台灣 09/08 17:45
→ driftingjong: 自己買一台NGS來做不會啊
推 e41232003: 用放大鏡紀錄DNA鹼基們排隊報數啊140F 1.200.75.62 台灣 09/08 22:31

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